Rejeição
539 – Duplicidade, com diferença de chave de acesso.
Modelo
Rejeição no modelo 57 (CT-e).
Causa
Quando for emitido um CT-e e na Sefaz já existir outro autorizado com o mesmo CNPJ Emitente, Modelo, Série e Número, mas com data de Emissão, Tipo de Emissão, Código Numérico ou outras posições da Chave de Acesso diferentes, ocorrerá a rejeição descrita.
Como Resolver
Verificar com a contabilidade a última numeração utilizada na emissão de CT-e, e realizar o ajuste no EmissorCte. No Cadastro do Emitente, no campo “Séries” de acordo com a imagem abaixo:

Depois de ter informado a sequência correta, faça a atualização do cadastro clique com o botão direito na tela inicial do Emissor, e vá em “Alterar emitente”.

Utilize o F2 para selecionar o emitente, e confirme. Feito isso, faça uma nova emissão.