Rejeição
539 – Duplicidade, com diferença de chave de acesso.
Modelo
Pode ocorrer com os modelos 55 (NF-e) e 65 (NFC-e).
Causa
Quando for emitida uma nota e na Sefaz já existir outra autorizada com o mesmo CNPJ Emitente, Modelo, Série e Número, mas com data de Emissão, Tipo de Emissão, Código Numérico ou outras posições da Chave de Acesso diferentes, ocorrerá a rejeição descrita.
Como resolver
Entrar em contato com a contabilidade solicitando a numeração correta para ajustar o sequencial, como na imagem a seguir:

Para alterar o sequencial, de duplo clique no modelo utilizado, e informe o número correto. Depois de ajustar, deve ser duplicado o pedido e emitida uma nova nota, aquela que está com rejeição não será aprovada.